La structure organisationnelle du MPCE est constituée :

•du bureau du Ministre constitué du secrétariat privé et du Cabinet du Ministre• de la Direction Générale

•de six (6) directions techniques relevant de la Direction Générale et qui sont :

-- la Direction de la Planification Économique et Sociale (DPES);

-- la Direction de l’Aménagement du Territoire et du Développement Local et Régional (DATDLR);

-- la Direction de la Coopération externe (DCE);

-- la Direction de Coordination des Activités des ONG (DCAONG ;) ;

-- la Direction de l’Investissement Public (DIP) ;

-- la Direction du Suivi et de l’Évaluation de l’investissement public (DSEIP) ;

        -- la Direction des Affaires Administratives et du Budget (DAAB).

        -- la Direction des Ressources Humaines (DRH);

        -- l’Unité d'Observation de la Pauvreté et de l'Exclusion Sociale (UOPES) ;

de quatre (4) Unités de Coordination, qui dépendent également de la Direction Générale et qui sont :

-- l’Unité d’Études et de Programmation (UEP) ;

-- l’Unité de Coordination des Directions Départementales (UCDD) ;

-- l’Unité des Technologies de l'Information, de la Communication et de la Documentation (UTICD) ;

de dix (10) directions départementales